Ein zum Tode verurteilter, der in einem scheinbar glasklaren Fall dennoch seine Unschuld beteuert, kann man ihm glauben? Es muss ein schrecklicher Gedanke sein, unschuldig eingesperrt zu sein und umso schrecklicher, wenn der Fall wirklich eintritt. So auch bei Lincoln Burrows, der den Mord an dem Bruder des Vizepräsidenten der Vereinigten Staaten verübt haben soll. Fingerabdrücke und Videoaufnahmen sollen belegen, dass er der Mann ist, der gesucht wurde. Nach dem verlorenen Prozess wird er in den Todestrakt des Fox-River-State Gefängnisses in Illinois inhaftiert. Ihm bleibt nur noch die Zeit bis zu seiner Hinrichtung abzuwarten, wäre da nicht Michael Scofield, der seinem Bruder Glauben schenkt. Mit einem ausgeklügelten Plan, lässt er sich ebenfalls inhaftieren und verfolgt das Ziel mit seinem Bruder und Zellengenossen die Flucht zu ergreifen. Doch hat er nicht mit dem alltäglichen Knast Leben gerechnet, das ihm zu schaffen macht.
Michael und Sara lassen sich an einem Strand trauen und feiern danach mit Lincoln und Sucre ausgiebig in einer Strandbar. Als die Polizei eintrifft, blüht der kleinen Gruppe, dass sie festgenommen werden könnten. In falscher Annahme versuchen sich Michael und Lincoln rauszureden. Doch haben die Polizisten es nicht auf die beiden, sondern auf Sara, abgesehen. Sie wird des Mordes an Christina bezichtigt und kommt in Untersuchungshaft. Als die Brüder merken, dass es problematisch werden könnte Sara legal aus dem Gefängnis zu holen, entschließen sie sich, ihr zur Flucht zu verhelfen.
Als der General erfährt, dass Sara eingesperrt ist, setzt er ein Kopfgeld auf sie aus. Kurz darauf wird sie vergiftet, gelangt aber rechtzeitig zum Arzt. Michaels erst Plan Sara aus dem Gefängnis zu befreien wird durchkreuzt, da das FBI neue Kamerasysteme installiert hat. Daraufhin schmieden sie einen neuen Plan. Als das FBI von Alex erfährt, dass Michael mit einem Fallschirm auf dem Gefängnisgelände landen will, postieren sich die Beamten und warten auf den Fallschirmspringer. Als sie diesen bemerken, durchlöchern sie ihn. Doch hat Michael dies als Ablenkungsmanöver genutzt, um unbemerkt ins Gefängnis zu kommen. In einem Gebetshaus trifft er sich mit Sara, die gemeinsam abhauen wollen. Doch trennt sie lediglich eine massive Tür von der Freiheit. Michael beschließt, sich für seine Frau und Kind zu opfern. Kurzerhand nimmt er zwei Starkstromkabel und führt diese zusammen. Daraufhin verschwinden sie.
Vor dem Ausbruchsversuch hat Michael Alex ein Videoband mit einer Akte gegeben, die er Sara geben sollte, wenn ihm etwas zustoßen würde. Dies hat er auch getan. Auf einem Boot schauen sie sich das Video an. Dort erklärt Michael, dass er Lincoln und Sara liebt und er aufgrund seines wiederkehrenden Hirntumors ohnehin keine hohen Überlebenschancen mehr hatte.
