Eine verborgenen Stadt, voll von Wissenschaftlern von der nur die Regierung und dessen Bewohner wissen. Diese Stadt und damit auch Serie nennt sich Eureka.
Die Stadt soll geschlossen werden und zu all den schönen Erinnerungen, die die Bewohner dort hatten, tauchen urplötzlich Wurmlöcher in der ganzen Stadt auf. Nun gilt es für Sheriff Carter Eureka ein letztes Mal vor der Zerstörung zu bewahren.
Eurekas Bewohner sind dabei ihre Sachen zu packen, als sie erfahren, dass die sechswöchige Frist auf einen Tag gekürzt wurde. Mit dieser Entscheidung ist Fargo nicht einverstanden und demonstriert mit einer Sitzblockade. Carter und Zoe fahren nach Eureka, als sich plötzlich ein Wurmloch öffnet und die beiden in der Empfangshalle von Global Dynamics landen. Henry versucht unterdessen herauszufinden, wie sein anderes ich und Grace es geschafft haben, mit Beverly Kontakt aufzunehmen. Zudem bittet er Zane um Hilfe. Er hat bereits begonnen Daten nach Washington zu transportieren. Carter und Jo haben es sich zur Aufgabe gemacht der Ursache für die Wurmlöcher auf den Grund zu gehen. Dafür befragen sie Dr. Parrish, der erzählt, dass die Technologie für die Wurmlöcher aktiv sein müsse, da sie sonst sicherlich schon kollabiert seien. Allison findet heraus, dass sich die Wurmlöcher überlappen und damit gefährlich werden. Plötzlich fällt Andy in ein solches Wurmloch als ein Hund ihn mitreißt, das sich plötzlich schließt. Der Hund erscheint mit seinem Arm auf der anderen Seite. Der Rest von ihm liegt verteilt über Eureka. Zane fällt auf, dass die Daten über eine besondere Weise transportiert werden sollten.
Ihm fehlt ein Kraftfeld, das die Daten schützt. Wahrscheinlich ist dies der Auslöser für die Wurmlöcher. Bei dem Versuch diese umzupolen werden sie immer stärker. Carter kommt der Kraftfeldverstärker von Fargo in den Sinn, um die Löcher zu stoppen. Doch hierfür muss jemand mit dem Gerät durch diese gehen. Carter entscheidet es selbst zu tun und geht mit dem Verstärker durch eines der Wurmlöcher. Er erscheint inmitten auf der Hauptstraße von Eureka. Die Löcher verschwinden. Damit nimmt die Schließung der Stadt ihren Lauf.
Fargos Büro wird ausgeräumt und er erfährt, dass Eureka verkauft wurde. Holly wurde für ein besonderes Projekt engagiert. Grace wurde frei gelassen und verspricht bei Fargo zu bleiben. Andy wurde wieder zusammengesetzt. Jo macht Zane einen Antrag, der ihn annimmt. Allison, Henry, Grace und Jack sitzen im Diem und werden von Trevor Grant überrascht. Er verkündet, dass er Eureka gekauft habe und möchte, dass Henry Global Dynamics übernimmt. Er nimmt das Angebot glücklich an. Allison teilt Carter am Abend mit, dass sie schwanger wäre. Er freut sich sichtlich und umarmt sie. Einige Tage danach fahren Carter und Zoe nach Harvard und erinnern sich zurück an den ersten Tag, wie sie nach Eureka gekommen sind.
